Instytut Logistyki jest kontynuatorem tradycji i dorobku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk, powołanego 15 grudnia 1974 roku. Instytut przejął rolę koordynatora szkolenia taktyczno-technicznego w WAT oraz organizatora i głównego realizatora kształcenia podyplomowego i szkolenia kursowego kierowniczej kadry technicznej Sił Zbrojnych WP. Oprócz zadań dydaktycznych Instytut zajmował się tworzeniem metodologii badań systemów zabezpieczenia technicznego wojsk oraz rozwiązywaniem problemów praktycznych zgłaszanych przez wojska. Główny wysiłek naukowy został skoncentrowany na zagadnieniach kierowania służbami technicznymi na szczeblach taktycznych. Restrukturyzacja sił zbrojnych – postawiła przed Instytutem nowe zadania w dziedzinie gruntownej przebudowy programów nauczania i przekształcenia dotychczasowego bloku przedmiotów taktyczno-technicznych w blok kształcenia taktyczno-logistycznego, podjęcie nowych kierunków działalności naukowo-badawczej oraz uruchomienie nowych kursów i studiów podyplomowych. Nowe zadania spowodowały konieczność przekształcenia w 1993 roku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk w Instytut Logistyki. Kolejne istotne zmiany w funkcjonowaniu Instytutu miały miejsce w 1998 roku. Wojskowa Akademia Techniczna – Instytut Logistyki i Biuro Wojskowej Służby Normalizacyjnej (BWSN) rozpoczęły organizowanie i prowadzenie studiów podyplomowych i kursów specjalistycznych z zakresu normalizacji, systemów zapewnienia jakości i kodyfikacji, co spowodowało istotne rozszerzenie obszaru działalności dydaktycznej Instytutu. Ogółem w latach 1975 – 2002 w Instytucie przeprowadzono 140 studiów i kursów podyplomowych, w których uczestniczyło ponad 2200 słuchaczy. Kolejne zmiany przyniósł rok 2003. Z dniem 1 stycznia 2003 nastąpiła zmiana w dotychczasowym funkcjonowaniu Instytutu. Dotychczasowy Instytut Logistyki został przemianowany na Instytut Automatyzacji Systemów Dowodzenia i Logistyki i stał się jednym z trzech instytutów nowo utworzonego Wydziału Techniki Wojskowej. W roku 2004 zaszły kolejne zmiany w strukturze organizacyjnej Instytutu. Instytut przemianowany został w Instytut Logistyki Systemów Dowodzenia i Wsparciu . W grudniu 2006 Instytut został merytorycznie podporządkowany Wydziałowi Mechanicznemu oraz przekształcony w Katedrę Logistyki.
Od 1 września 2012 roku Katedra Logistyki została przekształcona w Instytut Logistyki Wydziału Mechanicznego którego dyrektorem został mianowany dr hab. inż. Marian Brzeziński profesor WAT.
1 września 2014 r. Instytut Logistyki stał się filarem nowo powstałego w Wojskowej Akademii Technicznej Wydziału Logistyki. Funkcję Dyrektora Instytutu do 31 sierpnia 2016 r. pełnił Pan dr hab. inż. Marian Brzeziński profesor WAT. Z dniem 1 września 2016 r. kierowanie Instytutem Logistyki powierzone zostało płk dr hab. Szymon Mitkow profesor WAT, który piastował tę funkcję do 13 lutego 2017 r. Z dniem 14 lutego Pan Profesor Szymon Mitkow został wybrany na Dziekana Wydziału Logistyki. Obecnym Dyrektorem Instytutu Logistyki jest Pan dr hab. n. społ. inż. Mieczysław Pawlisiak profesor WAT, który na to stanowisko został wyznaczony z dniem 14 lutego 2017 r.
Obecnie w Instytucie Logistyki prowadzone są studia I stopnia – inżynierskie, studia II stopnia – magisterskie zarówno dla studentów cywilnych jak i wojskowych oraz studia podyplomowe – Zarządzanie logistyczne w przedsiębiorstwie, Zarządzanie logistyką przedsiębiorstwa w warunkach ochrony środowiska, Zabezpieczenie logistyczne (studia prowadzone dla potrzeb MON), Zarządzanie w systemie pozyskiwania sprzętu wojskowego (studia prowadzone dla potrzeb MON) oraz nowe studia – pierwsza edycja planowana na 2020 r. W 2019 r. sukcesem zakończyła się praca związana z utworzeniem jednolitych studiów magisterskich dla podchorążych. Dodatkowo Instytut Logistyki jest głównym wykonawcą zadań związanych z licznymi kursami kwalifikacyjnymi i doskonalącymi oficerów pionu logistyki i zabezpieczenia na potrzeby Ministerstwa Oborny Narodowej.
Obecnie w Instytucie zatrudnionych jest 40 pracowników dydaktycznych i naukowych oraz 5 pracowników administracyjnych. Na strukturą Instytutu Logistyki składają się trzy zakłady: Zakład Logistyki Wojskowej, Zakład Logistyki Przedsiębiorstw, Zakład Systemów Logistycznych oraz Sekcja Administracyjno-Techniczna.
